Era globalisasi dengan segala implikasinya menjadi salah satu pemicu cepatnya perubahan yang terjadi pada berbagai aspek kehidupan masyarakat, dan bila tidak ada upaya sungguh-sungguh untuk mengantisipasinya maka hal tersebut akan menjadi maslah yang sangat serius. Dalam hal ini dunia pendidikan mempunyai tanggung jawab yang besar, terutama dalam menyiapkan sumber daya manusia yang tangguh sehingga mampu hidup selaras didalam perubahan itu sendiri. Pendidikan merupakan investasi jangka panjang yang hasilnya tidak dapat dilihat dan dirasakan secara instan, sehingga sekolah sebagai ujung tombak dilapangan harus memiliki arah pengembangan jangka panjang dengan tahapan pencapaiannya yang jelas dan tetap mengakomodir tuntutan permasalahan faktual kekinian yang ada di masyarakat.Â
Dalam upaya mewujudkan Visi tersebut di atas, Misi SMA Negeri 3 Gunungsitoli adalah sebagai berikut :
Mendorong aktivitas dan kreatifitas secara optimal kepada seluruh komponen sekolah terutama para siswa;
Mengoptimalkan pembelajaran dalam rangka meningkatkan keterampilan siswa agar memiliki prestasi yang dapat dibanggakan;
Melaksanakan pembelajaran dan bimbingan secara efektif sehingga kecerdasan siswa terus diasah agar terciptanya kecerdasan intelektual dan emosional yang mantap;
Antusias terhadap perkembangan dan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi;
Menanamkan cinta kebersihan dan keindahan kepada semua komponen sekolah;
Menimbulkan penghayatan yang dalam dan pengalaman yang tinggi terhadap ajaran agama (religi) sehingga tercipta kematangan dalam berpikir dan bertindak.